Trong các công trình đó, chùa Song Tử Tây nổi bật không chỉ là một công trình tôn giáo, là nơi đáp ứng nhu cầu sinh hoạt tín ngưỡng, tôn giáo của người dân trên đảo, mà còn góp phần tạo nên dấu ấn riêng biệt trong việc khẳng định chủ quyền biển đảo của nước Việt Nam trên quần đảo Trường Sa.
Từ thời Chúa Nguyễn, Việt Nam đã xác lập chủ quyền đối với hai quần đảo Hoàng Sa, Trường Sa. Trong nhiều thế kỷ liên tục, qua những chuyến hải trình đo đạc vẽ bản đồ, cắm mốc chủ quyền, cứu hộ cứu nạn, thu lượm hải vật trên biển của các hải đội: Hoàng Sa, Bắc Hải do Chúa Nguyễn lập nên, cũng như khai thác sản vật của ngư dân, để cầu mong cho những chuyến đi biển thuận lợi, bình yên, họ đã dựng tại các đảo miếu, am thờ thần, chùa thờ Phật; trồng tại đây những cây mang từ phương Nam tới để cây lớn lên giúp thuyền bè qua lại có điểm ngắm, tránh mắc cạn tại các bãi san hô.
Đó chính là nguồn gốc của các ngôi chùa trên các đảo thuộc quần đảo Trường Sa ngày nay, cũng là bằng chứng cho thấy chủ quyền lãnh hải không thể tranh cãi và liên tục qua nhiều thế kỷ của nước ta trên quần đảo Hoàng Sa và quần đảo Trường Sa.
Chùa Song Tử Tây nằm cạnh bờ biển có bãi cát trắng, quay mặt ra biển, hướng về phía Thủ đô Hà Nội, phía sau là ngọn hải đăng Song Tử Tây cao 38m so với mực nước biển, xung quanh là những cây phong ba, bàng vuông... Điều đặc biệt ở chùa là bia ghi danh của anh linh 64 liệt sĩ hy sinh bảo vệ chủ quyền toàn vẹn lãnh thổ của Việt Nam tại đảo Gạc Ma ngày 14/3/1988. Chùa được thiết kế phù hợp với tổng thể quy hoạch kiến trúc khu dân cư và các công trình kiến trúc nổi bật khác như: ngọn hải đăng, tượng đài Anh hùng dân tộc Trần Hưng Đạo… tạo thành một quần thể kiến trúc văn hóa - lịch sử và tâm linh tiêu biểu, độc đáo của người Việt trên Biển Đông.
Ngọn hải đăng tại đảo Song Tử TâyChùa được xây dựng theo lối kiến trúc truyền thống với kết cấu chính điện ba gian hai chái, hai dãy nhà giải vũ, tám mái cong, tam quan hai tầng, có tả hữu vu cùng khuôn viên sân vườn đẹp mắt. Cổng tam quan của chùa đẹp và hoành tráng nhất, được làm hoàn toàn bằng gỗ, thiết kế theo lối hai tầng tám mái mở ngay ra mép sóng. Trên hai lối vào của mỗi tam quan được trang trí bằng chữ “Từ bi” - “Hùng lực”, thể hiện tinh thần độc lập, tự cường, hộ quốc an dân, đồng hành cùng dân tộc của Phật giáo Việt Nam.
Chùa có tam điện, điện thờ và ban thờ các Anh hùng liệt sỹ đã hy sinh vì sự nghiệp bảo vệ độc lập chủ quyền và toàn vẹn lãnh thổ Việt Nam. Khu vực điện thờ phía bên trong được bài trí bằng cặp lục bình cùng tượng Phật ngọc Quan Thế Âm Bồ Tát nhìn hướng ra biển như che chở, hộ trì cho người chiến sỹ an tâm làm nhiệm vụ, ngư dân yên lòng bám biển mưu sinh.
Tên chùa, hoành phi, các bức đại tự, câu đối đều được ghi bằng chữ quốc ngữ như: “Mây lành che Đông Hải, một trời cam lộ tưới Trường Sa/ Thắng tích ánh đảo xa, vạn cổ danh lam truyền Song Tử”, “Quần đảo huy hoàng chất ngất Biển Đông ngời thắng cảnh/ Chùa chiền sừng sững nguy nga đất Việt nổi danh lam”.
Bát hương, đồ thờ, thậm chí tất cả những viên gạch dùng để xây dựng nên chùa Song Tử Tây đều được in hình quốc huy nước Cộng hòa Xã hội Chủ nghĩa Việt Nam. Tất cả những điều này cho thấy sự khẳng định chủ quyền lãnh thổ bền vững, xuyên suốt của dân tộc Việt Nam trên vùng biển đảo Trường Sa, nơi mãi mãi là một phần lãnh thổ thiêng liêng của Tổ quốc Việt Nam.
Có thể nói, chùa Song Tử Tây đã trở thành biểu tượng văn hóa - tâm linh con người Việt Nam, thể hiện khát vọng hòa bình, là một trong những dấu mốc quan trọng trong việc khẳng định chủ quyền lãnh hải của dân tộc Việt Nam trên quần đảo thiêng liêng của Tổ quốc .
